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公益財団法人東京都医学総合研究所は、医学・生命科学全般にわたる基礎から応用までの幅広い研究を推進し、都民の健康と福祉の向上に貢献することを目的としています。同法人は、ゲノム動態、難聴、カルパイン、幹細胞、体内時計、蛋白質代謝といった基礎医科学分野から、認知症、学習記憶、脳機能再建、こどもの脳、脳神経回路形成といった脳・神経科学分野、さらには統合失調症、睡眠、依存性物質に関する精神行動医学分野、そして感染制御、ウイルス感染、視覚病態、糖尿病性神経障害、再生医療、がん免疫といった疾患制御分野に至るまで、多岐にわたるプロジェクト研究を展開しています。特に、学習記憶プロジェクトでは、ショウジョウバエやマウスモデルを用いて記憶形成の分子・神経回路メカニズムを解明し、老化による記憶力低下や情動伝染の理解を目指しています。また、感染制御プロジェクトでは、インフルエンザや肝炎ウイルスなどの病原性発症機序を細胞・分子・個体レベルで解析し、予防法や治療法の確立に貢献しています。ゲノム動態プロジェクトでは、ゲノム複製制御や特殊DNA構造の機能解明を通じて、疾患発生メカニズムの解明と診断・治療戦略の開発を進めています。社会健康医学研究センターでは、いじめや孤独感が思春期の心の不調に与える影響を解明し、メンタルヘルス増進プログラムの共同開発にも取り組んでいます。同法人は、これらの研究成果を都民講座やシンポジウム、刊行物を通じて広く社会に発信し、研究者向けのセミナー開催や連携大学院制度による人材育成、基盤技術支援、知的財産活用支援、病院等との連携支援も積極的に行っています。サフォルドウイルスの受容体発見やカルパイン3遺伝子変異による筋ジストロフィー発症メカニズムの解明など、国際的に評価される多くの研究成果を上げています。