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長崎漁港水産加工団地協同組合は、長崎漁港における水産加工業の振興を目的として昭和62年8月に設立された中小企業等協同組合法に基づく事業協同組合です。同組合は、長崎の豊かな海の恵みを全国の食卓へ届けることをミッションとし、組合員の加工事業の効率的な展開と発展を多角的に支援しています。主要な事業として、県内外の水産加工場や魚市場、鮮魚小売店等から発生する加工残さいを魚粉にリサイクルするミール製造事業を展開し、環境負荷の低減に貢献しています。また、組合員や製氷事業者、冷蔵庫業者に対し、上水道よりも安価な加工用水や紫外線殺菌された海水を安定的に供給する事業も行っています。さらに、組合員の事業所から排出される廃棄物の回収・処理、加工原料や水産加工品、冷凍農産物などを保管する冷蔵倉庫事業（3,602トンの冷蔵室を保有し、-25℃〜-30℃で管理）も手掛けています。共同販売事業では、組合員への加工原料供給や、組合員が製造する水産加工品および県内水産加工品の販売を促進し、共同購買事業では製品包材や段ボール、食塩などの資材を安価に提供することで、組合員のコスト削減に寄与しています。これらの事業を通じて、同組合は長崎の水産加工業の基盤を支え、地域経済の活性化に貢献しています。近年では、地域社会への貢献活動にも注力しており、NPO法人ながさき村と連携し、子ども食堂へアジフライやサバフライなどの食品を寄付する活動を継続的に実施しています。また、地域のお祭りである「三重地区みなと祭り」への出店を通じて、地域住民との交流を深め、長崎の海の幸を身近に感じてもらう機会を提供しています。令和5年度の売上高は1,564,732千円に達し、32名の職員体制で運営されています。