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一般社団法人熊本市医師会は、熊本市民の健康増進と疾病回復を支援することを目的とし、医師相互の医学研修・研究を推進する中核組織です。同法人は、市民向けに医療機関情報（休日当番医、年末年始・お盆期間中の診療状況、医療情報ネットを通じた検索、外国語対応医療機関情報など）を幅広く提供しています。また、予防接種情報、熊本市版登園基準、在宅医療・介護支援に関する情報提供を行い、市民公開講座、医專連シンポジウム、熊本市民健康フェスティバルといった健康啓発イベントを主催。テレビ・ラジオ番組を通じて医療・健康情報を発信するなど、地域住民の健康リテラシー向上に貢献しています。新型コロナウイルス感染症に関する情報提供や、地域医療の維持・向上に向けた政策提言・啓発活動も積極的に展開しています。 医師・医療関係者に対しては、入会案内、学術講演会や日医生涯教育講座を通じた学術・生涯教育の機会を提供し、医師資格証やくまもとメディカルネットワークに関する医療情報を提供しています。診療報酬改定に関する最新情報や解説動画、通知文書、森都医報の発行を通じて、会員医療機関の円滑な運営をサポート。女性医師支援として一時預かり保育所「メディッコクラブ」の運営や、熊本県女性医師キャリア支援センターとの連携、熊本市医師会婦人会の活動支援も行っています。さらに、災害医療研修会、在宅医療研修会、介護保険主治医研修会などを開催し、地域医療の質の向上と連携強化に努めています。熊本地域医療センター（医師会病院）、看護専門学校、ヘルスケアセンター、在宅ケアセンター、検査センターといった関連事業所を運営し、多角的に地域医療を支える役割を担っています。